kintone APIの認証はSAMLの影響を受けないため、SAML認証を設定しているkintone環境でも、じぶんシリーズは問題なくお使いいただけます。
※ ただし、kintoneの設定で「SAML認証の使用を必須にする」を有効にしている（SAML認証のみでkintoneにログインできるような）状態ですと、パスワード認証によるAPIの実行が、cybozu.com共通管理者だけに制限されます。
そのため、cybozu.com共通管理者のkintoneアカウントを、じぶんシリーズと接続するアカウントとしてご利用になる場合は問題なくご利用いただけます。
APIの実行ユーザーを制限したくない場合は、「SAML認証の使用を必須にする」を無効のままにしてください。
参考: https://jp.cybozu.help/general/ja/admin/list_saml/saml_restriction.html